ייעודוהעיקרי של המרכז הינו לחקור מה מקומו ותרומתו של הכוח האווירי בכל הקשור להתמודדות מול ארגוני טרור כיצד יכול חיל האוויר לנצל את יכולותיו הרבות אל מול אויב "חסר צורה", הן באופן עצמאי והן בשיתוף פעולה עם גורמים נוספים המתמודדים עם האתגר, הן בצה"ל והן מחוצה לו.